Onderwijssocioloog Jaap Dronkers heeft op de weblog stukroodvlees.nl nogal wat kritiek op de procedure rond het bepalen van de excellente scholen. Hij hekelt onder andere het gebrek aan transparantie, de mogelijkheid dat in bepaalde regio's besturen of samenwerkingsverbanden hebben besloten niet mee te doen en mogelijke druk op scholen om niet mee te doen als ze zelf van plan waren dat wel te doen. Ook zijn de criteria op basis waarvan de toegevoegde waarde wordt bepaald onduidelijk.